电子政务网站的建设，实现了政府上网工程的首要目标和政府信息公开，推进了电子政府的建立和政府信息化建设的进程。同时，在建设的过程中也存在一些问题遇到了一些困难，对此需要冷静分析，积极应对，促进我国电子政务网姑的健康发展。
从宏观上看，当前我国政府电子政务网站的发展还存在着时间阶段和地区差异的问题，具体而言：
(1)目标不够明确。没有认真考虑网站建设与政府公务的关系，将网站管理与政府工作融会贯通，导致某些政府网站远行不善。
(2)网站建设分布不均。如东部沿海发达地区与中西部不发达地区，上级政府机构与基层政府机构之间网站分布不平衡。
(3)资源配置有差异。中央国家机关、直辖市、省级政务网站信息充足、资源丰富显优于县市级政务网站。
(4)部门之间相互协调和标推化有待促进。
(5)配套法制不健全。电子政务发展中有关知识产权、隐私权及信息的控制、发布和转让权等缺乏普遍性的规定。
(6)开发模式不够完善。许多政府网站建设采取了外包模式，解决了技术人员缺乏的问题，但同时也带来了问站与业务的脱节问题，这源于政府部门与技术公司之间协作不够。