网站结构也不容忽视，如果栏目是表面的东西，那么结构则是核心架构，“金玉其外败絮其中”，一些网站建设过程中着表面文章，看似栏目一个都不少，一旦点击某个文章时，用户突然发现除了一个诱人的标题之外，其他的什么都没有，这样的结构根本就不会有什么忠实的用户，“路遥知马力，日久见人心！”也许在短期内通过各种推广手段获得一定的流量，一旦推广手段停止，那么，流量马上就会下降，运营这样需要不断进行推广才能提升流量，而自然流量上升缓慢的网站其实是失败的，没有几个站长会一直如此维持下去的，如果有耐心做推广3-5年，那么也不会出现糟糕的结构。
合理有效的对网站结构进行优化，内部链接是重要的一项内容，几乎网站在没更新一篇内容，或者添加一个页面的时候，都要进行内部链接的设置，这些链接要保证有效性，同时，为了给主页一定的权重，重要的关键词要有反向链接。为什么我们在谈到网站结构离不开链接呢？想一想，我们在不断浏览互联网新闻的时候，是不是点击鼠标的时候最多，一旦用户对某个词感兴趣的时候，他们会点击一下，对感兴趣的关键词或者一句话进行“刨根问底”，这种“刨根问底”的好处有两点，减少用户的跳出率，增加用户访问网站的时间，用户在一个网站滞留的时间越长，那么，网站获利的机会就越大，二者之间呈正比关系。